Diyanet isleri Başkanlığının bütçesi, genel bütçeli idareler arasında yer almaktadır. Kurumun harcama birimlerine ait muhasebe kayıtları, Genel Yönetim Muhasebe Yönetmeliği ile bu yönetmeliğe bağlı hazırlanan Merkezi Yönetim Muhasebe (Yönetmeliği hükümlerine göre tutulmaktadır.)